Yo lo tengo configurado de la siguiente manera:
* En Ajustes cyanogen/ Aplicaciones...... tengo activada la casilla de "permitir movimiento de aplicaciones"
* EN link2sd en ajustes, tengo activado el enlace automático y, en ajustes de enlace automático, tengo activadas las 3 casillas
Con respecto a las diferencias entre ext2-3 y 4 no me las sé, pero en google viene bastante información.