Buenas tardes. El wipe data lo que hace es borrarte toda la información del móvil, así como aplicaciones, contraseñas wifi, etc. No te borra nada de la memoria
interna. Supongo que con memoria externa te refieres a un pendrive mediante otg, de ser así no se borrará nada de ahí.
Tema bootloader. Si únicamente te importa lo que tienes en la memoria interna, puedes copiarlo al pc. No sé que método es el que dices del bootloader, ni si funciona correctamente o no, pero a ser posible te recomiendo que uses el toolkit de Wug y hagas el procedimiento desde 0, para saber con certeza que todo el proceso se ha realizado bien, aunque si tu crees que con el método que comentas te funcionará, manos a la obra.
En referencia a los 3 wipes, son data, dalvik y cache.
Saludos.
