De nintendo 64, el mejor de los que he probado es el Mupen64.
De Supernintendo pues por ejemplo el Snes9x
El retroarch que dicen arriba, no me iba bien para N64.
De todas formas, si piensas jugar usando la pantalla ten en cuenta que hay muchos juegos a los que no va a ser cómodo jugar, sobre todo en los que tengas que hacer combinaciones de teclas y tal. Esto de tener siempre pulsada la velocidad en el super-mario con la punta del dedo, y con el mismo dedo, usando la llema del dedo arle al salto no funciona ya que la pantalla detecta el dedo como un solo pulso y no te permite pulsar en dos sitios a la vez (y hacer lo mismo con dos dedos... no es muy cómodo). Pero hay muchos juegos en los que es más o menos cómodo jugar.