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Sin ver el código poco te podemos ayudar, pero tiene pinta que en el hilo usas una variable que inicializas después de crear el hilo.
Y en ese caso pueden ocurrir 3 cosas:
1) Que se ejecute primero el código del onCreate entero y después el hilo. (No falla)
2) Que nada más crear el hilo empiece a ejecutarse el hilo sin continuar el onCreate (Te falla)
3) Que empiecen a entremezclarse instrucciones del hilo y del onCreate (Puede fallar o no fallar)
Conclusión, inicia el hilo una vez que estés seguro que todas las variables que se van a usar en él están inicializadas. Y si haces lecturas y escrituras simultaneamente en el hilo y en el hilo principal usa Synchronized.
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