Que usas para los backups de las apps?
Por ejemplo yo uso Titanium, y de hecho el dia de ayer cambiar la micro SD..
Pero antes de hacerlo copie el directorio de titanium y el de cwm (por el backup de nandroid).
Despues la puse y me instale otra rom, luego simplemente restaure mis apps sin ningun problema, obviamente para eso tuve que volver a reinstalar titanium.
En resumidas cuentas, la aplicacion de backup buscara el directorio donde tenias antes del backup, si no la encuentra entonces no podra restaurar.
En el caso de titanium puedes cambiar el directorio para los backups, si no lo cambias entonces sera por defecto en Titanium/Backup.
