Para dejarla como "salida de fábrica" ve a AJUSTES/COPIA DE SEGURIDAD Y RESTABLECIMIENTO.
El ROOT, para lo que verdaderamente te sirve es para poder flashear ROM,s cocinadas. Ten en cuenta que siempre podrás volver a las stock (las oficiales) sin problemas.
Te recomiendo que le eches un vistazo a la recopilación de Ruizma:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=511273