Por probar podéis hacer esto (en casos similares funciona)
En ajustes del sistema-->aplicaciones-->todas entráis en cada app multimedia y borráis datos, también en la app administrador de medios (o algo así ahora no recuerdo el nombre exacto).
En la micro SD dentro de /DCIM borráis /100ANDRO y /.thumbnails y dentro de /Amdroid/data todas las carpetas relacionadas con multimedia si queda alguna (si son todas las de app de google mejor).
Luego reiniciáis y esperáis que android vuelva a crear los indices. Al principio no aparecerán todas las carpetas de fotos, música... no os asustéis ya irán saliendo todas poco a poco, tarda un buen rato en regenerar todo.
Suerte