Finlei, yo para quitar aplicaciones que me estorban, lo hago con el 7zip (dando al botón derecho del ratón y elijo abrir comprimido) y voy a system/app y quito lo que no me interesa. También hay veces que hay aplicaciones extra que ha metido el creador de la ROM, que están en system/data.
Si al instalar la ROM veo que se me ha colado alguna que no quería, pues tiro de root explorer, marcando mount R/O y voy a la misma ruta system/app y le doy a borrar, reinicio y listo.
Un saludo