Y aqui te dejo un ejemplo de ello
http://obviam.net/index.php/the-android-game-loop esta en ingles y es para juegos pero creo que esta bastante bien explicado, es basicamente lo que dice kriogen, en una clase tienes un while true con un flag y que va deteniendo el juego cada X FPS, y luego otra clase en la que dibujas las cosas en la pantalla e igual las colisiones que tengas que ver entre varios personajes, luego mas clases para enemigos, aliados..etc con sus propiedades y sus colisiones propias o cosas asi.
Ya depende de como quieras estructuras tu proyecto.