Lo acabo de probar en WhatApp 2.9.4207 (última versión hasta la fecha) y funciona correctamente el cambio a cualquier tamaño de letra:
En la ventana de chats le das a los tres puntitos arriba a la derecha -> Ajustes -> Ajustes de Chat -> Tamaño de fuente. Eliges pequeña, mediana o grande y al volver a entrar a un chat debería cambiar.
Si no funciona, puedes probar a comprobar si tienes la ultima versión y/o reinstalar la aplicación.
Suerte, un saludo.