A ver, eso me ha pasado a mí antes con una ROM oficial, así que creo que es normal; creo que por sólo hacerle acceso root muchas veces no te detecta como modificado, si no has cambiado el recovery.
Eso sí, en cuento uses algún programa que utilice root y haga algún cambio en el sistema (instales un tema, modifiques archivos internos, etc), ya te aparecerá como estado modificado.
No le des más importancia.