Archivos temporales del pc por ejemplo, dentro de tu nombre de user y como ocultos, archivos temporales de internet, etc...
El porque no te da os 500 gigas... Porque al formatear necesita generar el arranque de dicho disco, asignacion de letras y demas. TODO disco duro que venga a pelo sin formatear, lo primero que te pedira sera un formateo y hay es donde ya perderas una considerable cantidad de gigas. Que viene particionado, pues ya veras que no trae la cantidad de gigas que la caja te pone.
P.D. Activa la vision de aerchivos ocultos para descartar que tengas algo mas en el disco duro que no veas.