La cosa está en que puedes transferir archivos tranquilamente por mtp o usb mass storage. El inconveniente está en si eres un flasheador compulsivo, ya que una vez cifrado el terminal, ya no és posible flashear nada. (está cifrado, por lo que el recovery no sabe leer el sistema)
También hay algunos mods bestias que no són compatibles con la encriptación, como por ejemplo muchos sistemas de MultiBoot (distintas roms en un dispositivo o distintos sistemas operativos)
Pero para transferir datos; ningún problema, ya que el mismo dispositivo los cifra/descifra en el vuelo.
Lo mejor es cifrar solo, una vez tienes el sistema estable y piensas dejarlo igual por algún tiempo. Desconozco si puedes acceder a tus datos instalando una nueva rom y poniendo el mismo password.
Saludos.