Ext4 es mas rápido en casi todo que ext3, de hecho es algo que se ha comentado bastante en distintos foros de linux. Buscando un poco por google hay varias comparativas al respecto:
http://www.linux-party.com/modules.p...ticle&sid=4231
http://arstechnica.com/open-source/n...buntu-9-04.ars
http://www.todo-ultraportatiles.es/l...3-vs-ext4.html
http://www.muylinux.com/2009/06/29/e...s-ext3-vs-xfs
lo que pasa es que ext3 es un sistema muy probado y se sabe que es muy estable, mientras que ext4 es un sistema muy nuevo y poco testeado...