Para eso existe el nandroid, lo haces antes de instalar nada, no te gusta, da errores... pues restauras y como si no hubiera pasado nada.
Ahora lo que puedes hacer para quitarte de dudas es flashear la ROM de nuevo, por norma todas al instalar borran /system entero con lo que si tenias algun MOD o residuos de este también se ira (haz wipe dalvik y cache para asegurar). Eso en teoria ya que por ejemplo los script que dejan algunos kernel solo se borran con los limiadores echos para el.
Los MOD si son temas como el modo sense en la lista de app abiertas solo cambian aplicaciones con lo que no creo te quede nada despues de un flasheo de la misma ROM.