A ver...
Entonces el problema que tienes no es ese...
La rom deodexed que tiene NANDE publicada, imagino que es la de Arthur0588
Esa versión está rooteada, pero NO incluye el programa de superuser.
Simplemente instalalo desde el play store y después vuelve a instalar el Boot Menu.
El System Keeper únicamente gestiona el "androide del inicio" pero no el programa dentro del sistema operativo.
Un saludo!!