Yo te aconsejo lo siguiente:
-Desde el recovery haz un /format de todas particiones: data, cache, system, dalvik...
-Instala de nuevo el recovery que necesites: recuerda que si es GB son 5.x, y si es ICS/JB son 6.x
-Instala la ROM que quieras, bien sea custom o stock.
-Instala poco a poco aplicaciones, para descartar que ese sea el motivo.