El root es el root independientemente del método que uses así que los dos métodos te pondrán el superuser y te dejarán poner CWM, pero el método de flastool es para bootleader abierto, cosa que tu no tienes, por lo que tendrás que rootearlo por el otro modo, con ics, y si vuelves a gb perderás el root, pero puedes falsear por cwm una rom basada el gb y listo, de todas formas por aquí hay un montón de ROMs que hacen funcionar ics a la perfección, por lo que te recomiendo hacer esto