Hola de nuevo Broquen,estuve atareado siguiendo tus explicaciones y poniéndolas en práctica, te explico:
1º. Desisnstalé tal y como tú me dijiste la App Link2Sd, volví a instalar la Orange Backup y traté de hacer un Nandroid con ella, esta vez me salió, boot not found y además recovery not found.
2º. Desinstalé Orange y me fuí al Modo Recovery y desde allí con el Siyah me hice un Nandroid, que me dió sin fallo (al igual que con el PhliZ).
3º. Tiré de Titanium y me hice un Backup de todo lo que creí necesario (Apps y demás).
Bueno una vez hecho todo ésto, y ya un poco acojonadillo (dicho sea de paso), entré de nuevo en Recovery y le dí a restaurar y voilá, todo correcto (mi suspiro de alivio se oyó en Valladolid), vuelvo a tener todo como antes, de momento no noto nada raro en el cel.
4º. Además después de lo que me dijiste sobre que podía tener la memoria dañada, también pasé el eMMC y me dice que los resultados de analizar los bloques de memoria de mi SGSII están perfectos. (Te adjunto una captura).
Como ya te dije antes, no se porque esa App no va en mi Galaxy, gracias por tu tiempo y tu atención.
Salu2.