Supongo que tambien valdria solo modificando el updater-script con instrucciones del tipo:
delete("/system/app/Stk.apk,/system/app/LatinIme.apk");
De todos modos ojo con eliminar algo que no tengas instalado previamente, por ejemplo si te machacas el teclado pero previamente no has instalado el Swype pues creo que algun problemilla puedes tener, jejejeje
Los sonidos del sistema van en system/media/audio/ui, alarmas en system/media/audio/alarms, notificaciones: system/media/audio/notifications y ringtones en system/media/audio/ringtones
es que yo tambien instalo los del S3 que me gustan mas, jejejeje