Gracias Djnonow, justo ahora lo acababa de encontrar en Statusbar Toggles/Toggles Colors/Background Color, si lo pones en black depende como se pone en negro o en transparente
No sé si conocéis la app SPenBoard Switcher también de LegendK95, si instalas el zip (o la copias directamente en system/app y le das los permisos) aparece un nuevo menú en simplistic control que te permite elegir el teclado por defecto según esté el spen sacado o no. Muy útil si usas otro teclado pero quieres usar el reconocimiento de escritura manual de samsung con el spen.
http://forum.xda-developers.com/show....php?t=2075916