Hasta lo que yo entiendo y conozco, puedes realizar una copia de seguridad de tu ROM directamente con el recovery con Nandroid. Esta copia de seguridad incluirá Recovery original y ROM con aplicaciones instaladas.
Como ya has podido deducir esta copia de seguridad no incluye el
SPL original que habrás tenido que cambiar si quieres instalar ROMS rooteadas. Si quieres seguir recibiendo actualizaciones OTA, actualmente el único SPL modificado que soporta OTAS es el de Crios.
Saludos