Ya me había leído todo el post, y lo he vuelto a hacer sin encontrar la solución, aún así con las pistas que has dado he logrado dar con la solución en el post del kernel fishears en xda.
Por si le sirve a alguien más, yo he tenido que entrar en recovery, hacer mount a TODO y luego sin reiniciar fix permissions, entonces ya he podido cambiar el governor.