No se jode nada, sólo que si no hay datos guardados (por ejemplo en el caso de juegos) no se guardarán. Cuando abras la app se volverá a iniciar el móvil, y unas cuantas se inician en automático al encender el móvil.
Puede que tengas problemas, como congelamientos o desaparición de la barra de estado si detienes apps críticas de sistema (el framework o systemUI por ejemplo) pero un reinicio del móvil las inicia de nuevo.