Por si a alguien más le pasa, aquí explican los motivos y las soluciones.
http://forum.xda-developers.com/show....php?t=2145848
En mi caso era porque había hecho limpieza de las apps del sistema, y entonces el instalador daba error. He reinstalado la partición de sistema, hecho el root de nuevo y ahora sí, he podido instalar la 4.2.2 sin problemas.
Por cierto, el root se pierde, pero es fácil recuperarlo con Nexus root Toolkit.
Saludos