Significa que te quedaras con el recovery que hayas instalado, supongo que el CWM.
Si le das a no, lo que sucederá es que al arrancar el sistema, se flasheara el recovery stock, son lo cual no podrias cambiar kernel o rom.
Si lo unico que quieres es ser root, y seguir recibiendo las OTA de Google, yo lo que recomendaria es darle a NO, asi te dejaria el recovery stock y podrias recibir las OTA de google.
Aun asi, en caso de que le des a YES, siempre podrias volverle a poner el recovery stock flasheandolo.
espero que resuelva tus dudas.
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