Hola! Una de las posibles causas, podria ser la SD.. Te comento que hace tiempo, me paso algo muy similar a tu problema, me desaparecian fotos, archivos de musica, despues empezo a pasar con aplicaciones tambien, hasta que llego el punto que se me apagaba y no encendia, me dio por quitarle la SD y encendio y no me dio mas problemas. La tarjeta aunque la formatee, muchas veces salia como que no la tenia puesta , cuando en reaidad si lo estaba .
Tal vez , si dispones de alguna otra SD, intentes probarla y verificar que no sea fallo de la tarjeta, como me ocurrio a mi en su dia . Saludos !