Hay varios directorios en el teléfono que en realidad es lo mismo, supongo que son link de linux, pero eso no quiere decir que la información este duplicada.
Si borras la que no debes, estas borrando todo.
Si esta copiado en el PC, deberías tener los ficheros alli no? o no ves nada?
Mira en tu movil en las carpetas '/storage/sdcard0' yo alli tengo lo mismo que en la que borraste....
