Hombre ese tipo de test no son muy fiables, pero aun así me sorprende esa diferencia tan abismal y encima a favor de CM.
El usar Dualboot puede tiner una mínima diferencia de menor rendimiento la ROM secundaria (estaríamos hablando de milésimas o décimas de segundo, totalmente inapreciable). Aun siendo la misma memoria pero en la partición de almacenamiento masivo, la secundaria en lugar de archivos sueltos usa imágenes de la ROM (tipo unidad virtual de CD/DVD/BR con imágenes ISO). Al ser la misma memoria no ahí diferencia al leer y escribir en ella, pero si que la puede tener al trabajar con archivos en lugar de imágenes que se han de abrir leer/escribir en ellas.
Las CM no lleva drivers oficiales, son adaptados o creados por ingeniera inversa (las ultimas son adaptados de la leak con base 4.2.1 para el S3). Con lo que esto si puede afectar para un menor rendimiento gráfico al no llevar los drivers que samsung diseña paras sus GPUs. En principio nadie como el fabricante sabe como depurar el source para sacar el máximo rendimiento a un chip.
En cambio gana por goleada las CM y encima desde ROM secundaria, como diría cierto torero: en 2 palabras "in creible"
Edito: ademas supuestamente la Stock parte con la ventaja de llevar el Butter Proyect que una de las mejoras es la de suavizar el rendimiento grafico. Cosa que CM sin driver oficiales les esta costando conseguir hacer funcionar al 100% y parte de lo que le falta es precisamente en los drivers y librerias de garfico/video