Genial! Ya está todo solucionado
Pongo por aquí los pasos que seguí (resumiendo los consejos que me disteis y que tanto me han servido ^^)
1. Root del Nexus 4 (unlock + root) con el toolkit.
2. Instalar OTA rootkeeper para no perder el root después de la actualización a 4.2.2
3. Tal como comentásteis, como sólo hice root, pude recibir la update OTA del Nexus 4.
4. Instalar el update
5. Recuperar el root con el OTA rootkeeper
Muchísimas gracias a todos!