En el momento que flasheas el fichero .pit, el teléfono queda formateado del todo y sin nada, hasta el punto de que para reiniciarlo tienes que quitar la batería y volver a ponerla, para volver a entrar en modo download.
Posteriormente, KPE es el firmware base de gingerbread. Viene con cuatro ficheros: el bootloader que permite el arranque, el csc que es específico de cada área geográfica, el modem que permite las conexiones inalámbricas y el pda o sistema operativo propiamente dicho.
Con esotos dos primeros pasos es como si formateases el ordenador y le metieras windows de nuevo, para simplificar...
Posteriormente se flashea KPU o LF2 que es un firmware con un solo archivo PDA que lo que hace es actualizar el firmware a la versión más reciente.
Hasta aquí tendrías un firmware actualizado y sin root.
Para hacerte root, tendrías que flashear a continuación un kernel que te haga root. Recomendable el kernel BAM beta15. Se flahsea por Odin en PDA.
A partir de aquí ya tienes firmware nuevo y eres root. Puedes entonces poner una custom ROM desde el reovery, siguiendo las instrucciones de la custom ROM que vayas a poner. Las que te dije en el post anterior son buenas para la bateria. Las puedes encontrar en la sección de desarrollo del foro.
Espero haber resuelto tus dudas, pero si las tienes, pregunta sin miedo.