Si haces wipe DATA se te va TODO lo que instalaste tú y tus datos, queda solo la Rom "desnudita".
Si haces sólo wipe cache y dalvik, no se te desinstala nada, pero es nececesario o conveniente para instalar algunos temas y mods. Aunque yo lo hago cada vez q instalo un mod q altere muchos iconos, por si acaso.