La partición se hace para poder utilizar A2SD que viene por defecto en las ROMs de Modaco. No necesitabas utilizar la opción del recovery de pasar las aplicaciones a la sd, ya que al instalar la ROM, esta lo hace automáticamente.
Las particiones de la sd no se pueden ver desde windows si no es con programa que lo haga, ya que windows sólo lee FAT32 y NTFS. Para el ext3 hay un programa, pero para ext4 que yo sepa no existe.
Y al utilizar la opción del recovery para pasar las aplicaciones, no se qué problemas ocasiona si éstas ya están en la sd. Supongo que lo mejor es hacer un wipe, y cargar el backup con las aplicaciones que supongo habrás hecho. Si no lo has hecho, puede que puedas mover otra vez las aplicaciones desde adb, pero sobre ese tema estoy muy verde.