Depende del MOD, lógicamente. Es muy fácil saberlo: solo tienes que abrir el zip en el PC y ver los archivos afectados.
Los más habituales son
system/app/SystemUI.apk y
system/framework/framework-res.apk. También se suelen tocar algunas librerías, .jar, .apk, etc... eso ya depende del tema/MOD.
Para deshacer un MOD:
1) Reflashear ROM (mal).
2) Extraer de la ROM.zip los archivos afectados por el MOD y meterlos en el MOD.zip, flashear éste. Esta opción solo vale si el MOD.zip está hecho a la vieja usanza, NO usando el sistema vrtheme (que por otra parte es una maravilla):
http://forum.xda-developers.com/show....php?t=1207017