Saludos Nuazet
Es raro que te haya desaparecido la carpeta con el zip, mira a ver si la cocina te la pone en otra carpeta, no se, es qaue nunca la he utilizado, pero es raro.
En lo que dices de deoxear y zipalignear.... la verdad es que nunca lo he hecho, lo de deoxear porque en las rom que manejo las apk no vienen con archivo .odex, y lo del zipaling porque como en teoría meto aplicaciones "oficiales" se presupone que ya están optimizadas, vamos, que no las ha hecho Perico el Pollo en 5 minutos
En el SDK de Android tienes una herramienta para zipalignear aplicaciones.
Si vas ha hacer la rom entera te aconsejo que metas todas las apps que quieras añadir tu, no del sistema, en la carpeta preinstall.
Saludos