Sin problema, puedes dejar la carpeta Recovery ahí, que la necesitarás para hacer el Root, no afecta para nada.
Aparte de lo que te he mencionado antes, haz lo siguiente, para que el Toolkit también tenga los drivers nuevos:
1.- Extrae los archivos del .rar a una carpeta.
2.- Renombra el "adb.exe" a "adb-toolkit.exe".
3.- Renombra el "fastboot.exe" a "fastboot-toolkit.exe".
4.- Copia todos los archivos a excepción del recovery-cwm-touch.
5.- Pégalos dentro de la carpeta del Galaxy Nexus Toolkit sustituyendo a los que ya hubiera con anterioridad.
Un saludo!!
