Yo lo tengo con ext4 y no hay ningún problema. Por lo visto con ext4 el backup de nandroid+ext no funciona, pero como sistema de archivos se supone que funciona mejor el ext4. Como ejemplo:
http://www.theinquirer.es/2009/01/29...-a-frente.html
Para poder ver la partición ext4, evidentemente linux es lo mejor. Desde Windows, supongo que pronto habrá algún programa si no lo hay ya.
Sea como sea, si prefieres ext3, no vas a tener problemas.
