Depende que quieras sincronizar!
Al conectar el iphone al pc, abre itunes y busca tu iphone en la lista de la izquierda y al darle te aparecera una barra en la parte "superior" en la que te pondrá, musica, aplicaciones, fotos... Y hay te aparecera la opcion de sincronizar la musica las fotos...
Si lo tienes con jailbreak entonces tienes que hacer uso de aplicaciones de terceros (cydia) ya que si lo quieres sincronizar con itunes las apps de "prueba" que tengas, depende de la aplicacion que uses para bajartelas
Un saludo!!
Cualquier duda, pregunta!