En cuanto rooteas lo tienes modificado. Sin más, lo primero que tienes que hacer es verificar que no tengas el contador de flasheos en +0, pasale el triangle away por si acaso (o entra en download mode y miralo tu mismo).
Después tienes que resetear los datos de dos aplicaciones Enterprise SysScope y SysScope (las abres desde el administrador de aplicaciones de android y borras los datos), a continuación asegúrate de no ser root, y reinicia.
El estado del dispositivo ya te saldrá normal y podrás actualizar vía OTA, luego rooteas método chainfire y listo.
Un saludo