Yo el link2sd siempre lo tengo y nunca me ocurrio eso.No se si tendra influencia el kernel que utilices en esas roms que mencionas.
La mayoria de roms que he probado con segun que kernels dan fallos aunque nunca habia oido el que deje de funcionar el tactil,es una putada la verdad.
Prueba cambiando de kernel hasta que no te de fallo ,es lo unico q se me ocurre