Tranquilo, vamos por partes:
1º) Al crear la cuenta de hotmail hay un momento en que te dice si quieres que te copie los contactos de hotmail a los contactos del teléfono. Ahí debes decir que no, pero como ya lo has hecho, pues anula la cuenta, y empieza de nuevo.
2º) para ocultar (sin borrar) los contactos de la SIM, descarga el .cab de este post
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=2448