Cambiar xml sin decompilar no es lo más indicado, hay que decompilar cambiar y compilar para que los cambios te los guarde bien, los resources y classes.dex si se puede hacer, y como menos veces se modifique mejor, si no, pasa eso, desaparece o da Fc, cuando vas a cambiar algo, hay que modificar encima de la original, haciendo de nuevo con todos los cambios, en windows no hay problema, por que tienes la decompilada y haces los cambios en el project, y al compilar siempre coge la original como base, en Linux con la cocina que tengo. no, por que modifica directamente la original, aplicando los cambios en ella, y al querer hacer algo más, adiós apk.
Haz los cambios en project, y cuando quieras modificar algo más, borras la carpeta build de dentro de la carpeta de la apk de project y compilas de nuevo, haz siempre que mantenga las firmas originales en las de sistema, borrando la carpeta res, el archivo resources (el classes.dex si haces cambios a los smali, pero no es necesario este último) de la carpeta keep temporal.
Saludos.