Si se actualiza la base, ésta traerá posiblemente un nuevo SysteUI.apk (de él depende la status bar y sus iconos), settings.apk (ahí están los iconos de Ajustes) y framework-res.apk (los colores de fondos, colores de los menús, algunos iconos del sistema...). O sea, se pierde toda la tematización SGSIII. En principio, el instalador de la base tematiza setting y framework sólo inyectando los pngs y añades apps y launcher. Si no te da error (algunas roms se quedan en bucle tras la "inyección), solo faltaría tematizar la status bar con el 2º instalador. Si no hubiera cambiado SystemUI.apk en la nueva nightly, no pasaría nada por instalarlo, pero si ha cambiado, seguramente te quedarías con error en systemUI y tendrías que recuperar la instalación anterior.