Esto de que una rom Odex no se puede tematizar te lo sacas de la manga.
TODA rom sea o no Odex puede tematizarse, los odex no son mas que los código smali por separado, los xml, png, 9.png no afectan en nada, dudo mucho que modifiques con temas que toquen smali.
Saludos.
P.D: Lo único que tiene de bueno odex es que arranca algo mas rápido, pero no es para tirar cohetes, una vez cargado el sistema no hay diferencia alguna.