Hola Relente,
Respecto a la organización de los accesos directos, puedes encontrarla en Ajustes > Pantalla > Panel de notificiaciones.
Allí, pulsando prolongadamente, puedes mover los accesos directos y organizarlos a tu gusto.
Lo de la SD, a mi me sucede lo mismo. No sé que puede ser, pero presupongo que debe ser alguna incompatibilidad con JellyBean. Ya encontré varias, como por ejemplo Holo Launcher, que funciona fatal bajo Jelly Bean.
Edito:
Parece ser que es un problema, un "bug" de la propia 4.1. Han cambiado la ruta de la tarjeta externa de almacenamiento. Aquí algo de info.
Salut