Yo no he tenido ningún tipo de problema en linux, con ningún proceso. Ademas lo he hecho directo por consola, sin Vmware ni nada por el estilo. solo necesitas instalar SDK en este caso.
En el unico momento que he tenido problemas en linux ha sido cuando hice el proceso de s-off. En el cual me pase al otro disco que tengo -win7 para esto, ya que no enviaba por fastboot el exploit en linux. Fuera aparte de no dejar pasar archivos a la memoria SD del terminal (esto fue nada mas actualice a JB). Para ello empece a utilizar Airdroid y se solvento este problema tambien a la hora de pasar archivos al telefono.
JB y linux no se llevan bien conduciendo fastboot (seguramente debido al MTD instalado en la ultima version 4.1.1), pero en ICS va como la seda...
Se puede hacer todo el proceso en consola y no tener que tirar de sofware de terceros para hacer lo que quieres.. Exepto para meter una RUU, en ese caso si tendrias que tirar de WMware o Virtual Box (maquina virtual). Ademas de tener que preparar el USB para que lo reconozca fastboot desde cualquiera de estas maquinas virtuales..
AQUI te dejo un tutorial de como poner una ruu desde ubuntu o linux con una maquina virtual.
Ya ves que no hay mayor problema.
