Mira de hacer una cosa, primero copiate lo que te interese que tengas en la memoria para despues copiarlo otra vez una vez termines con lo que te pongo mas abajo.
Despues desde TWRP haces un format data, con eso limpias la memoria totalmente.
Con el toolkit haces lo que dice Jagoflax cierras el bootloader y lo vuelves a abrir, entonces instala con el toolkit un rom stock y desde el toolkit tambien puedes instalar el TWRP y hacer el root, a ver si a apartir de ahi te deja.
Una cosa mas una vez instalada la rom stock y arrancado el terminal te bajas el goomanager y actualizas el TWRP para asegurarte que tienes la ultima version