En el gnex no da error por tener recovery, ni root y tampoco por tener bootloader abierto.
Sólo si metes algún zip de aumentar el sonido o similar que modifica la rom.
Y si, pierdes root y recovery cuando actualizas.
No se tarda mucho en volver hacerlo.
Al final acabarás con una buena custum que te ahorras esos pasos.
Lo que si que alguien te asesore si hay que abrir el bootloader para meter recovery y root.
Porque yo nada más sacarlo de la caja lo hice y lo llevo con bootloader abierto. Lo único si lo haces ahora pierdes todo lo que tengas en el móvil.