No se si pase como con el launcher de serie de un Huawei u8650 que tuve.
En el que todas las aplicaciones que estuviesen instaladas en la SD, no guardaban el orden que yo les ponía, sino que cada vez que reiniciaba el terminal, se volvían a colocar como ellas querían.
En ese caso la solución fue, teniendo rooteado el teléfono, hacer una partición ext3 en la tarjeta, y montarla mediante la aplicación link2sd.
De ese modo las aplicaciones se instalan en esa partición, que para el sistema es como si fuese parte de la memoria interna (en realidad están enlazadas, en la memoria principal estaría digamos un archivo apk que en realidad es un acceso directo a la aplicación real, que estaría en esa partición ext3), y por ello no se descolocan las aplicaciones al reiniciar.
