A mí me desapareció el Clockworkmod después de actualizar via OTA a 4.2.2.
Luego intenté meter cualquiera de los dos recoverys con el Nexus 4 Toolkit otra vez y acababa el proceso sin ningún tipo de error, pero luego me seguía apareciendo el androide tumbado. Total que lo hice en Modo Manual según el tuto de Dexafree y por fin lo logré.
Soy un poco nuevo en android pero creo que es el mismo problema que tuviste Dirk Pitt.
